1940年，美国自然历史博物馆的挖掘团队在德州大弯国家公园挖出许多大型鳄鱼化石。在1954年，内德·科尔伯特与罗兰·伯德发表这些化石的研究，命名为怖鳄。在1979年，唐诺·贝尔德（DonaldBaird）与杰克·霍纳（Jack Horner）发现怖鳄与恐鳄是相同物种，怖鳄成为恐鳄的异名。
美国自然历史博物馆在重建头部模型时，参考古巴鳄的头部，并利用石膏重建出大部分头部。科尔伯特与伯德认为这个版本太过保守，认为若是参考湾鳄来重建，可制作出更大体型的恐鳄模型。由于当时不清楚恐鳄是否具有宽广口鼻部，科尔伯特与伯德计算恐鳄头部比例时发生错误。尽管重建时发生错误，这个恐鳄头部模型已成为一般大众对恐鳄的第一印象。
更多恐鳄的化石被发现，大部分是破碎的化石，但有助于古生物学对恐鳄进行更多的研究。Christopher A.Brochu提出，恐鳄的皮内成骨形状独特，是辨别恐鳄的特征之一。在2002年，大卫·史威莫根据更多的恐鳄化石，建构出完整度达90%的头部电脑模型。科尔伯特与伯德根据牙齿特征，将恐鳄归类于鳄科。根据格里高利·艾利克森等人在1999年提出的系统发生学研究，恐鳄是短吻鳄超科的原始物种。因此，恐鳄并非Zui大型的鳄科动物，而是Zui大型的短吻鳄科动物。