已知翼龙可分为喙嘴龙、翼手龙和准噶尔翼龙三亚目。 [4] 翼龙有两个主要类别。在晚三叠世有早期类型，但在晚侏罗世索伦霍芬（Solenhofen）板岩中的喙嘴龙属（Rhamphorhynchus）是较原始的典型。该类的特征包括急剧变尖的大齿、较短的（支撑手指的骨）掌骨、末梢有菱形的长尾。翼展大约1公尺（3.3英尺）。 [7] 早期的喙嘴龙类比较原始，主要生活在侏罗纪，有一条很长的尾巴；晚期的翼手龙类主要生活在白垩纪，尾巴很短，甚至消失。 [5]
翼龙类第二大类出现一晚侏罗纪，延续到白垩纪，典型的侏罗纪类型是翼指龙属（Pterodactylus），许多标本见于索伦霍芬板岩。翼指龙（pterodactyl）一般是小爬虫类，有些标本和麻雀一样小，特征包括一些小齿、长掌骨、短尾巴。翼指龙型的后裔延续到白垩纪，通常较大。的代表是堪萨斯白垩层中的无齿翼龙属（Pteranodon）。无齿翼龙属比信天翁大，翼展达7公尺或更长。1975年，德克萨斯州大本德（BigBend）国家公园内的晚白垩世非海相地层中，发现了3个非常大的翼龙类的部分骨骼，Zui大的标本翼展约15.5公尺（51英尺），使其成为见闻中Zui大的飞行动物。这些爬虫类的解剖及化石发现处的地形表明，其食料是腐肉而不是鱼。